Como resultado de la revolución, Miguel Juárez Celman renunció, por lo que Pellegrini lo sucedió en la presidencia desde el 6 de agosto de 1890 hasta el 12 de octubre de 1892.
Durante ese periodo presidencial saneó las finanzas (lo que le valió el apodo de "Piloto de Tormentas"), creó el Banco de la Nación Argentina y el prestigioso colegio que hoy lleva su nombre: la "Escuela Superior de Comercio Carlos Pellegrini" (una escuela pública actualmente dependiente del Rectorado de la Universidad de Buenos Aires).
Durante ese periodo presidencial saneó las finanzas (lo que le valió el apodo de "Piloto de Tormentas"), creó el Banco de la Nación Argentina y el prestigioso colegio que hoy lleva su nombre: la "Escuela Superior de Comercio Carlos Pellegrini" (una escuela pública actualmente dependiente del Rectorado de la Universidad de Buenos Aires).