En 1901, se produjo la ruptura entre Pellegrini y el general Roca, que ocupaba por segunda vez la presidencia. Roca envió al Congreso un proyecto de unificación de la deuda externa a través de un empréstito externo de reducido interés y a largo plazo cuyo servicio se garantizaba con las rentas aduaneras. Pellegrini lo defendió en el parlamento y logró su media sanción. Pero tras una serie de artículos periodísticos y manifestaciones opositoras, Roca retiró el proyecto sin consultar a Pellegrini. Esto enojó notablemente a Pellegrini y lo alejó definitivamente de la política roquista, con la que mantenía profundas diferencias políticas por la permanente negativa del conquistador del desierto a discutir siquiera la posibilidad de una nueva ley electoral que pusiera fin al fraude. Pellegrini era uno de los miembros de la elite que comenzaban a considerar que la prosperidad alcanzada podía peligrar de no atenderse los reclamos de la oposición y se mostraban dispuestos a considerar la introducción de reformas graduales en el sistema electoral con el fin de evitar conflictos sociales.