Tras el triunfo de las fuerzas leales, Pellegrini pudo dejar su cargo y asumir la banca de senador producto de las elecciones de 1880. Desde su banca retomará el proyecto de su padre de construir el puerto de Buenos Aires que había quedado inconcluso desde la época de Rivadavia. El senador adoptó el proyecto del ingeniero Eduardo Madero, con financiación y técnicos británicos, y logró su aprobación por el Congreso. Nueve años después, desde su cargo de vicepresidente dejará inaugurado el puerto de la capital.